前情提示，不看剧透去玩游戏的话，会给你不一样震撼感，从剧情上来讲，不亚于黑魂的黑暗…
尼尔机械纪元中埃米尔笑的越开心，越欠打，玩了尼尔复制人的，就会越难受…
时间一下就过去了几千年…
这期间也发生了一件大事，就是一位管理复制人的安卓带着四位复制人单挑了最后的军团boss红眼，收集了所有的魔素后发到了异空间，到了龙背上的骑兵，零所在的世界，成了零眼里的灭世之花，死循环开始了....
前面说过了，人类创造了复制人来收集魔素，人类本身则格式塔化来躲避这种危机，由尼尔提供的魔素，来维持人类灵魂的稳定。
十三对安卓系统管理着复制人，这个安卓系统就是复制人波波拉和狄波拉，也就是尼尔机械纪元里出现的红发双子姐妹。但是她们不是照顾尼尔的那一对，她们是另外十二对里的一对。
复制人无法生育，每次复制人死后，世界净化机关就会提取人类（格式塔化后的人类）的魔素，制作新的复制人，投入战场。
在漫长的死亡与投入的过程中，复制人诞生了自我的意识，并且在很短的时间内成长，他们开始以人类自居，而波波拉与狄波拉，成为了照顾他们的村长，这是悲剧的开始…
复制人尼尔也有一个妹妹，巧合的是复制人妹妹身体也不好，最要命的是，真人的灵魂崩坏的话，复制人的身体也跟着会患上黑纹病，就是那个天使死后把全世界逼上绝路的病。
前面说过，真妹妹早就出现了崩坏，世界净化机关为了全人类能获得尼尔稳定的魔素供给欺骗尼尔，等到魔素被收集了发到另一个世界，等到人类回归到复制人的身体里，就会救她。
真尼尔同意了，并且当了一个血包，一下当了几千年…
但是后来出了问题，尼尔的妹妹崩坏加剧了（记得是），而且他的魔素供给也出了问题，获得他魔素的人类本来可以维持灵魂稳定的，但是在尼尔故事发生的时间点里崩坏了，也就是说，这个血包的血过了保质期了，没用了…
真尼尔害怕妹妹会变成崩坏体，所以擅自行动了…
他抢了复制体尼尔的妹妹，打算让自己的妹妹，进入到复制体的身体里…
尼尔复制者的剧情由此展开，尼尔为了救妹妹，踏上了讨伐魔王的道路。
崩坏的人类灵魂被称作是恶魔，被以人类自居的尼尔杀死了，那些没有崩坏的人类灵魂…
也被尼尔杀死了…
这里说一句，这个时候就已经有智械了，智械很多是在保护人类的，不过被尼尔当做恶魔的爪牙，一起杀死了…
在旅途中尼尔遇到了凯尼…（不讲她的故事了，和本书无多大关系，但…也是很悲剧的…很多人很喜欢这个萌妹的…）
以及，可能是此时最后的人类，实验兵器七号，埃米尔…
埃米尔加入了打魔王的小队。
埃米尔是一个很可爱很善良的小男孩，甚至善良的不正常，哈鲁阿特别照顾他，为了保护他而暴走，摧毁实验室，但最后埃米尔把她石化了…
本书出现的埃米尔不是正体，所以是女孩子，也很坏，行，满足你（笑）
至于为什么不是正体，以后会讲。
复制体尼尔手里握着白之书，但白之书失忆了，忘记自己应该与黑之书合体，让所有人类回归到复制体身体里的事。
它与尼尔在冒险中又产生了羁绊，记起自己责任的时候，选择了拒绝与黑之书合体，因为那样的话，复制体尼尔的人格就会消失，复制体尼尔，就会消失。
复制体尼尔带着自己的小队成员一路杀到了魔王的面前，被啵啵啦和狄波拉挡住，双子姐妹把实情告诉了复制体尼尔，在绝望的喊着要复制人把身体还给人类的时候，与尼尔开战了...
为了人类，还是为了自己的妹妹？
复制体尼尔选择了妹妹。
真尼尔也会这么选择。
尼尔杀死了她们，双子姐妹其中一人的自爆，也把埃米尔炸飞了，生死未知....
最后复制体尼尔杀死真尼尔，救下了自己的妹妹。
你以为这是happyend?
不，一直以来的同伴凯尼魔化，复制体尼尔要么选择杀死凯尼，要么献出自己的存在救凯尼，到时候这个世界上的所有人，都不记得复制体尼尔...
救下了凯尼或者杀死凯尼也算是给凯尼一个解脱，虽然有点遗憾但也是happyend？
复制体尼尔杀死了真尼尔，所有的人类灵魂陆陆续续崩坏，人类从此灭绝。
复制体是没有生育能力的，人类灵魂的崩坏没办法给世界净化机关提供魔素制造复制人，复制人陆陆续续死了。
全灭结局。人类的基因与复制体的形体被发到月球基地保存了下来。
安卓士气低落，守护的人类全部灭绝，安卓失去了存在的意义。
（这里说一个原设定里的bug，背景中有说，在安卓控制力强的地方，复制体把身体归还给了人类，也就是说，复制体尼尔摧毁了大部分人类，还有小部分人类活着，至于是个bug还是下了一盘大棋，看后续了...）